Najjača vojnopolitička organizacija unutar Palestinske oslobodilačke organizacije je Fatah nekadašnjeg legendarnog palestinskog vođe Jasera Arafata, a danas palestinskog predsjednika Mahmuda Abasa. Fatah samostalno vlada Zapadnom obalom. 

No 2007. godine kontrolu nad Gazom osvaja Hamas, što je politički oslabilo Palestinsku samoupravu. Za razliku od Fataha, Hamas se nije odrekao oružane borbe za ostvarenje palestinskih ciljeva, a mnogi na Zapadu proglasili su ga terorističkom organizacijom.

Na području Gaze djeluje i prozvani Islamski džihad, palestinska islamistička teroristička skupina koju sponzoriraju Iran i Sirija. Osnovan je 1979. kao ogranak egipatskog Muslimanskog bratstva i danas je druga najveća militantna skupina u Gazi nakon Hamasa.

Osnivači Islamskog džihada, Fathi Šakaki i Abd al Aziz Avda, napustili su Muslimansko bratstvo te su, inspirirani Islamskom revolucijom ajatolaha Homeinija u Iranu, osnovali skupinu na principima koje je zagovarao Homeini.

Cilj skupine je uništenje Države Izrael i uspostava islamske palestinske države na područjima koja trenutno čine Izrael, Zapadnu obalu i Gazu. Islamski džihad vjeruje da je palestinska zemlja posvećena za islam, da ju je Izrael uzurpirao te da je, prema tome, ta država uvreda Bogu i islamu, a ponovno osvajanje Palestine sveti im je zadatak. Sukladno tome, odbijaju pregovarati s Izraelom, ne priznaju rješenje o dvije države za izraelsko-palestinski sukob i izvode brojne terorističke napade protiv izraelskih ciljeva i interesa.

Pripadnici Islamskog džihada ne sudjeluju u političkom procesu niti pružaju socijalne usluge stanovništvu kao što to čini Hamas.

U prošlosti su s Hamasom izvodili napade na Izrael, ali sada djeluju samostalno.

Ključna komponenta njihove doktrine je vjera u nasilni džihad da bi se oslobodila Palestina. Odgovorni su za brojne samoubilačke napade i ispaljivanje stotine raketa na izraelske civilne ciljeve, što je rezultiralo smrću desetaka civila i vojnika. Malo je vjerojatno da će se grupa ikada odreći terorizma jer joj je on postao smisao postojanja. Njeni pripadnici vjeruju da se cilj stvaranja islamske Palestine može postići samo uništenjem Izraela, pa je džihad postao centar njihove ideologije.

Glavni tajnik Islamskog džihada je Zijad al Nahala, rođen u Pojasu Gaze 1953., a živi na relaciji između Libanona i Sirije, nakon što je izgnan iz Izraela 1988. zbog sudjelovanja u Prvoj intifadi. Amerika ga je 2014. proglasila globalnim teroristom te je zamrznula njegovu imovinu u SAD-u i raspisala nagradu od pet milijuna dolara za informacije koje bi dovele do njegova uhićenja.

U svibnju ove godine objavljeno je da je u izraelskim zračnim napadima na Pojas Gaze poginuo jedan od vođa Islamskog džihada, Ali Ghali. On je četvrti visoki zapovjednik te islamističke skupine ubijen ove godine u zračnim napadima Izraelaca na Pojas Gaze.

Nakon atentata na Ghalija, Islamski džihad je u znak odmazde uzvratio raketnim napadom na Izrael. I tada su Izraelci tvrdili da su Palestinci na njih poslali 523 projektila, od čega više od 100 raketa nije bilo pravilno ispaljeno, te da je pritom poginulo četvero Palestinaca, uključujući 10-godišnju djevojčicu. Islamski džihad i tada je tvrdio da to 'nije točno'.